Исполнял эти проекты ещё один друг графа Панина — Пётр Яковлевич Плюсков, их семейный архитектор, ученик Дмитрия Васильевича Ухтомского. Вершины парадных башен были украшены великолепными кокошниками, белокаменными полумесяцами и пинаклямикак символ взятия Бендерской крепости под командованием генерал-аншефа Петра Панина в русско-турецкой войне 1768—1774 годов. Изначально господский дом планировалось отстроить также из камня, но после смерти супруги Пётр Иванович принял решение построить небольшой деревянный дом на выезде из имения. Панин принимал здесь гостей, охотился в окрестных лесах, разводил охотничьих собак и лошадей, содержал обширное оранжерейное хозяйство.
Затем усадьба перешла во владение к сыну Панина, который продал её в 1797-м году смоленскому помещику Ивану Малафеевичу Алонкину, но, к сожалению, в истории до тех пор образцовой усадьбы начался период запустения. Алонкин продал часть своих земель в Михалково купцу Турченинову, вскоре организовавшему на них производство ситца. В 1803-м году усадьбу приобрёл Дмитрий Ефимович Грачёв — выходец из преуспевающей семьи бывших крепостных, разбогатевших на торговле ситцем. Чуть позже он купил и фабрику Турченинова. Михалково превратилось в рабочий посёлок: её здания использовались либо в производственных целях, либо попросту ветшали. Потомки Грачёва вверили управление фабрикой Вильгельму Йокишу. Он стал главным человеком, оказавшим основное влияние на развитие мануфактуры в Михалково, основав собственное красильное заведение, а также завел свое прядильное, ткацкое и сукноотделочное производство, выросшее впоследствии до масштабов крупной мануфактуры, полностью выкупив территорию усадьбы у прежних владельцев. Йокиш и его наследники отнеслись к усадьбе бережно, усадьба была отреставрирована, а фабричное производство располагалось за её стенами. Для промышленных нужд были выстроены специальные корпуса за границей парка и «баженовской» части усадьбы.
К концу XIX века вся территория в сторону Ховрина была распродана под дачные участки. Плодовые сады, оранжерея и деревянный господский дом не сохранились. Были распроданы и оставшиеся здания усадьбы Михалково, в том числе жилые восточный и юго-западный флигели. Одно время в Михалково проживал после отставки скандальный московский градоначальник А. Рейнбот.
В 1930-х годах на территории усадьбы был открыт детский парк Октябрьского района. В 1950-х годах в усадьбе была проведена реставрация, Михалково стало культурным центром местности. Во флигелях расположилась дирекция парка, библиотека при суконной фабрике и ЖЭК. К 1960 году усадьба Михалково вошла в черту Москвы. Из старинных построек сохранились служебные корпуса, флигели, ограда с башнями и беседки у пруда. К 2017 году в Михалково были завершены работы по благоустройству территории парка: появились спортивные площадки, велодорожки и парковое освещение.
В настоящее время усадьба Михалково и прилегающий парк являются объектами культурного наследия федерального значения. С 2010-х годов на основе научно-исследовательской работы началась реконструкция архитектурного ансамбля. Между юго-западным флигелем и западными воротами была сохранена историческая часть массивной стены, укрепленная контрфорсами. Усилиями частных инвесторов архитектурный ансамбль был восстановлен и закрытая многие годы усадьба XVIII столетия открылась для посещения.
С 2020 года культуролог
Светлана Садыгова выступила автором проекта по созданию на территории усадьбы Культурного центра «Михалково». Целью проекта стало не только сохранение объекта культурно-исторического наследия и бережного к нему отношения, но и возрождение памятника архитектуры и придания ему новой социокультурной функции. Благодаря деятельности основателя и креативного директора в сентябре 2024 года, в дни празднования 877-летия Москвы, новое экспозиционно-выставочное пространство открыло свои двери.